Berdasarkan kepada sejarah silam, terdapat sebuah kawasan perkampungan yang banyak ditumbuhi dengan kayu manis iaitu sejenis rempah untuk memasak. Dalam bahasa masyarakat tempatan di kawasan tersebut iaitu kaum Murut, mereka memanggilnya sebagai kayu keningau. Ketibaan orang Inggeris di kawasan tersebut menjadikan kulit kayu keningau menjadi salah satu bahan eksport mereka. Secara tidak langsung kawasan pedalaman menjadi pengeluar kulit kayu Keningau yang penting pada ketika itu. Akhirnya, kawasan tersebut dipanggil keningau sehingga mewujudkan sebuah kampung seterusnya membangun menjadi sebuah bandar yang tidak ketinggalan dengan kemajuan dan menjadi pusat pentadbiran di kawasan pedalaman Sabah.